Oczekiwano, że przyjście na świat modelu 999, co miało miejsce w 2003 roku będzie równie wielkim wydarzeniem, jak narodziny 916-stki w roku 1993. Ducati 916  w rękach takich osobistości jak Carl Fogarty, czy Troy Corser wielokrotnie zwyciężało wyścigi klasy superbike, jednak model 999 nie do końca spełnił pokładane w nim oczekiwania. Różnice w silniku w porównaniu z ostatnim wcieleniem 916-stki, czyli Ducati 998 były nieznaczne. Skupiono się raczej na przeniesieniu do przodu środka ciężkości oraz poprawie aerodynamiki. Dwa lata później silnik Ducati 999 zyskał 16 KM mocy oraz 9 Nm momentu obrotowego. Zmieniono również oba zawieszenia zastępując Öhlinsa marką Showa. Dzięki tym zmianom udało się odchudzić motocykl aż o 13 kg.